4,6-ไดฟลูออโร-3-ไอโอโด-1H-อินดาโซล ถูกนำมาใช้หลัก ๆ ในสาขาเคมียารักษาโรคเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งหมู่แทนที่ฟลูออรีนและไอโอดีน ทำให้เป็นบล็อกก่อตัวที่มีคุณค่าสำหรับการพัฒนายาเภสัชที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะในการออกแบบตัวยับยั้งคินาส ซึ่งตัวยับยั้งเหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการกำหนดเป้าหมายเอนไซม์เฉพาะที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางส่งสัญญาณในเซลล์ ซึ่งมักเกี่ยวข้องกับโรคเช่นมะเร็งและโรคอักเสบ นอกจากนี้ แกนอินดาโซลที่ถูกฮาโลเจนของสารประกอบนี้ยังถูกสำรวจอย่างถี่ถ้วนในโปรแกรมค้นคว้ายาเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ของผู้สมัครยาใหม่ รวมถึงความแรง ความเลือกสรร และความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นักวิจัยยังใช้ประโยชน์จากปฏิกิริยาของมันในการทำปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้งเพื่อนำเข้าหมู่ฟังก์ชันหลากหลาย ขยายการใช้งานเพิ่มเติมในการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนสำหรับการประยุกต์ใช้ทางรักษา