6-Chloro-4-fluoro-3-iodo-1H-indazole ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรมในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างฮาโลเจนที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบและปรับปรุงยาตัวสมัคร โดยเฉพาะในการพัฒนาตัวยับยั้ง kinase และตัวแทนบำบัดอื่นๆ ที่มุ่งเป้าไปยังเอนไซม์หรือโปรตีนเฉพาะ สารประกอบนี้มักถูกนำมาใช้ในเภสัชเคมีเพื่อสำรวจความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) และเพิ่มประสิทธิภาพ ความจำเพาะ และคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ของยาที่มีศักยภาพ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นหน่วยก่อสร้างในการสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการประเมินทางชีวภาพเพิ่มเติม การประยุกต์ใช้ของสารนี้เด่นชัดเป็นพิเศษในสาขามะเร็งวิทยาและการอักเสบ ซึ่งมีส่วนช่วยในการค้นพบการรักษาใหม่