6-Chloro-4-fluoro-1H-indazole เป็นสารเคมีที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางยา โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาใหม่ๆ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่าย ทำให้สามารถนำไปใช้ในการสร้างสารตั้งต้นสำหรับการผลิตยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส และยาต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการพัฒนายาที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลางอีกด้วย