6-Chloro-1H-indazole-5-carbonitrile ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (key intermediate) ในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายับยั้ง kinase ซึ่งสำคัญต่อการรักษามะเร็งและโรคอักเสบ ลักษณะโครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการศึกษากลไกของเอนไซม์และการออกแบบยารักษาใหม่ที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางเซลล์เฉพาะ