Ethyl 5-methoxy-1H-indazole-3-carboxylate ใช้หลักๆ ในสาขาเคมีทางการแพทย์เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาตัวสมัคร โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง นักวิจัยนำมาใช้ในการสร้างอนุพันธ์ที่สามารถโต้ตอบกับเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะเจาะจง เพื่อช่วยในการค้นพบยารักษาใหม่ๆ นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านการอักเสบและต้านจุลินทรีย์ ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการวิจัยเภสัชกรรม การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกลไกต่างๆ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาเคมีอินทรีย์และการออกแบบยา