5-Methoxy-1H-indazole-3-carbaldehyde ใช้ในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในด้านการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพทางเภสัชวิทยา สารนี้มักถูกศึกษาเพื่อหาคุณสมบัติในการต้านมะเร็ง ต้านการอักเสบ หรือการยับยั้งเอนไซม์เฉพาะ นอกจากนี้ ยังอาจถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารเคมีอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้นในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี อีกทั้งยังมีบทบาทในการศึกษากลไกการทำงานของโมเลกุลในระดับเซลล์และโมเลกุล