เมทิล 5-โบรโม-1H-อินดาโซล-4-คาร์บ็อกซิเลต ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการพัฒนายา โครงสร้างของมันมีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ

ในเคมียารักษาโรค มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบใหม่ที่มุ่งเป้าไปยังโรคต่าง ๆ ตัวอย่างเช่น สามารถนำไปใช้ในการพัฒนาตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ ซึ่งอาจนำไปประยุกต์ใช้ในการรักษามะเร็ง การอักเสบ หรือโรคทางระบบประสาท

นอกจากนี้ กลุ่มฟังก์ชันโบรโมและเอสเตอร์ทำให้เป็นตัวทำปฏิกิริยาที่หลากหลายสำหรับการดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติม เช่น ปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามหรือการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก ซึ่งช่วยให้สร้างห้องสมุดสารเคมีที่หลากหลายสำหรับการค้นพบยา บทบาทของมันในการวิจัยและพัฒนาชี้ให้เห็นถึงความสำคัญในการส่งเสริมการนวัตกรรมทางรักษา