4-Chloro-1-methyl-1H-indazole ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (intermediate) ในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างยาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท มะเร็ง และภาวะอักเสบ โครงสร้างแกนอินดาโซลของมันมักถูกนำเข้าไปในสารประกอบที่ปรับเปลี่ยนกิจกรรมของเอนไซม์หรือการทำงานของตัวรับ ทำให้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานที่สำคัญในเคมียา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษายับยั้งคินาส (kinase inhibitors) ซึ่งสำคัญในการบำบัดมะเร็ง การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงงานวิจัยเกษตรเคมี ที่ซึ่งมันมีส่วนช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่