ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็งและยาต้านการอักเสบ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและเอสเทอร์บนแกนอินดาโซล ซึ่งสามารถดัดแปลงเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เพื่อศึกษากลไกการออกฤทธิ์และผลทางชีวภาพของสารประกอบอินดาโซล โดยมุ่งเป้าไปที่เอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะสำหรับโรคต่าง ๆ