4,6-Dichloro-1H-indazole ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในกระบวนการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค มันเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารต้านมะเร็ง สารต้านการอักเสบ และสารต้านจุลชีพ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีความเสถียรและสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่าย นักวิทยาศาสตร์จึงใช้มันเพื่อพัฒนายาที่มีประสิทธิภาพสูงและเลือกทำลายเซลล์เป้าหมายได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในด้านวัสดุศาสตร์เพื่อสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติพิเศษทางแสงหรืออิเล็กทรอนิกส์อีกด้วย