ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นหลัก โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่การอักเสบ มะเร็ง และความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างแกนอินดาโซลมีคุณค่าต่อการส่งเสริมการจับกับตำแหน่งเอนไซม์เฉพาะเจาะจง เพิ่มประสิทธิภาพการรักษา ใช้กันทั่วไปในการพัฒนายับยั้งคินาสและยาต้านการอักเสบ เนื่องจากมีเรขาคณิตโมเลกุลและความเสถียรที่เหมาะสม