ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มที่มีเป้าหมายเกี่ยวข้องกับเอนไซม์หรือตัวรับในระบบประสาท นิยมใช้ในขั้นตอนการพัฒนายาใหม่ที่ต้องการศึกษาโครงสร้าง-ฤทธิ์ของสาร (SAR) เนื่องจากโครงสร้างของอินดาโซลมีความเสถียรและสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพหรือลดผลข้างเคียง พบการใช้ในโครงการค้นหายาต้านอักเสบ ยากระตุ้นระบบประสาท หรือสารยับยั้งเอนไซม์เฉพาะเจาะจง เช่น PDE หรือ kinase บางชนิด นอกจากนี้ยังใช้เป็นมาตรวัดหรือตัวอย่างในการวิเคราะห์ด้วยเทคนิค HPLC หรือ LC-MS ในห้องปฏิบัติการวิจัย