ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง เป็นสารตั้งต้นในเคมียารักษาเนื่องจากโครงสร้างที่มีฮาโลเจน ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาครอส-คัปเปลิงแบบเลือกสรร เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Heck โครงสร้างแกนอินดาโซลมีคุณค่าที่เลียนแบบเบสเพียวรีน เพิ่มความสัมพันธ์ในการจับกับตำแหน่งออกฤทธิ์ของเอนไซม์ พบใช้ทั่วไปในงานวิจัยเพื่อออกแบบยาที่เล็งเป้าไปยังโรคอักเสบและโรคระบบประสาท นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่มีคุณสมบัติกำจัดศัตรูพืช

นิยมใช้ในงานวิจัยทางเคมีอินทรีย์เพื่อปรับโครงสร้างโมเลกุลและศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับกิจกรรมทางชีวภาพ (SAR) ผ่านการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนด้วยตัวเร่งปฏิกิริยาพาลลาเดียม