ใช้ในกระบวนการพัฒนายา โดยเฉพาะในกลุ่มยับยั้งเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบและโรคมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถทำหน้าที่เป็นโครงสร้างหลัก (scaffold) ในการออกแบบสารประกอบใหม่ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารอนุพันธ์ที่มีเป้าหมายเฉพาะต่อโปรตีนหรือเอนไซม์บางชนิด เช่น เอนไซม์ kinase ซึ่งมีบทบาทสำคัญในเส้นทางสัญญาณของเซลล์ นอกจากนี้ยังพบว่าสารในกลุ่มอินดาโซลมีศักยภาพในการใช้เป็นสารต้านจุลชีพและสารปรับภูมิคุ้มกันในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม