ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่ออกฤทธิ์ต่อต้านการอักเสบและมะเร็ง นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างสารตัวอย่าง (lead compound) สำหรับพัฒนายาใหม่ เนื่องจากโครงสร้างของอินดาโซลมีความเข้ากันได้ดีกับโปรตีนเป้าหมายในเซลล์ เช่น เอนไซม์ไคเนส (kinase) ซึ่งเกี่ยวข้องกับการควบคุมการเจริญเติบโตของเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้เป็นรีเอเจนต์ในปฏิกิริยาเคมีแบบ cross-coupling เพื่อสร้างสารอนุพันธ์ที่ซับซ้อนมากขึ้นในห้องปฏิบัติการ