ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มที่มีเป้าหมายเกี่ยวข้องกับเอนไซม์หรือตัวรับในร่างกาย เช่น สารยับยั้งเอนไซม์หรือสารกระตุ้นระบบประสาท นิยมใช้ในขั้นตอนการพัฒนายาทดลองในระดับห้องปฏิบัติการ เนื่องจากโครงสร้างของอินดาโซลมีศักยภาพในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวโมเลกุลได้หลากหลาย ยังไม่มีการใช้งานในทางการแพทย์โดยตรง และจำกัดอยู่ในงานวิจัยเท่านั้น