ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งคินาสสำหรับการรักษามะเร็ง เป็นโครงสร้างพื้นฐานในเคมียารักษาโรคเนื่องจากมีกลุ่มฮาโลเจนที่ทำปฏิกิริยาได้ ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามแบบเลือกสรร เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig amination โครงสร้างแกนอินดาโซลพบในโมเลกุลชีวภาพที่ออกฤทธิ์ต่อการอักเสบ โรคระบบประสาทเสื่อม และโรคเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีความเลือกสรรและประสิทธิภาพสูงขึ้น