ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยาที่เกี่ยวข้องกับการยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะเจาะจง เช่น ในการพัฒนายาต้านมะเร็งหรือยารักษาโรคระบบประสาท โครงสร้างของอินดาโซลมีความสำคัญต่อการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ ทำให้สารนี้เหมาะสำหรับใช้ในขั้นตอนการสร้างสารต้นแบบ (lead compound) สำหรับการคัดกรองฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา นอกจากนี้ หมู่ไอโอดีนยังสามารถใช้เป็นจุดสำหรับการเปลี่ยนแปลงเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาทางเคมีแบบคอร์รี (cross-coupling) เพื่อสร้างอนุพันธ์ที่หลากหลายสำหรับการศึกษาโครงสร้าง-กิจกรรม (SAR)