ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม เช่น การพัฒนายาต้านมะเร็ง หรือยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างของอินดาโซลมีความสำคัญต่อการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพในร่างกาย สารนี้จึงนิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างสารตัวอย่าง (lead compound) สำหรับทดสอบฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างอนุพันธ์ใหม่ ๆ ที่มีคุณสมบัติพิเศษสำหรับการศึกษาเชิงกลไกของปฏิกิริยาเคมี