ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะสารที่มีโครงสร้างอินดาโซล ซึ่งมักพบในสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพหลายชนิด เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านการอักเสบ และยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของสารนี้มีหมู่ Boc ที่ทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมีน ทำให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาในขั้นตอนต่าง ๆ ได้อย่างแม่นยำ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา coupling กับสารประกอบอื่นเพื่อสร้างสารตัวกลางที่ซับซ้อน หมู่ไอโอดีนที่ตำแหน่ง 3 ของอินดาโซลสามารถใช้ในปฏิกิริยาเปลี่ยนแปลงต่อ เช่น Suzuki coupling หรือ Heck reaction เพื่อสร้างอนุพันธ์ใหม่ที่มีความหลากหลาย จึงนิยมใช้ในงานวิจัยและพัฒนายาในระดับห้องปฏิบัติการ