ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่มีเป้าหมายในการยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับในเซลล์ นิยมใช้ในการพัฒนายาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของอินดาโซลมีศักยภาพในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวโมเลกุลในร่างกาย เช่น kinase inhibitors นอกจากนี้ยังใช้เป็น intermediate ในการสร้างสารประกอบที่มีไอโอดีนเพื่อการติดฉลากในงานถ่ายภาพทางการแพทย์หรืองานวิจัยทางชีวเคมี