5-Fluoro-6-nitro-1H-indazole ถูกนำมาใช้ในวงการวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาประสิทธิภาพและกลไกการออกฤทธิ์ของสารประกอบที่มีโครงสร้างคล้ายกัน มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค เช่น โรคมะเร็ง หรือโรคที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการใช้สารนี้ในการพัฒนายาต้านจุลชีพหรือยับยั้งเอนไซม์เฉพาะทาง ซึ่งอาจนำไปสู่การค้นพบยาชนิดใหม่ในอนาคต