8-Nitroimidazo[1,2-a]pyridine ใช้หลักๆ ในสาขาเคมียารักษาโรค โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ ทางเภสัชกรรม โครงสร้างของสารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังแบคทีเรียไม่ใช้ออกซิเจนและโปรโตซัว ทำให้มีความสำคัญสำหรับการรักษาการติดเชื้อที่เชื้อเหล่านี้ระบาด นอกจากนี้ยังนำไปประยุกต์ใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกทางชีวเคมีและกลไกการออกฤทธิ์ในเซลล์จุลินทรีย์ ช่วยในการค้นพบกลยุทธ์การรักษาใหม่