3,6-dichloro-Imidazo[1,2-a]pyrazine ถูกนำมาใช้เป็นหลักในสาขาเคมีทางการแพทย์ในฐานะสารกลางสำคัญ (key intermediate) ในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ เช่น ยายับยั้ง kinase ซึ่งมีความสำคัญในการรักษาโรคเช่นมะเร็ง นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อย (building block) ในการสร้างสารประกอบเฮเตอโรไซคลิกที่แสดงคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์และต้านการอักเสบ นักวิจัยยังสำรวจศักยภาพของมันในการออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่สำหรับโรคทางระบบประสาท เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับตัวรับบางชนิดในสมอง ความหลากหลายของมันทำให้เป็นสารประกอบที่มีความสำคัญในกระบวนการค้นพบและพัฒนายา