5-Amino-4-cyano-1-methylimidazole ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาต่าง ๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังมะเร็งและการติดเชื้อไวรัส โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างนิวคลีโอไซด์อนาล็อก ซึ่งมีความสำคัญสำหรับการบำบัดต้านไวรัสและต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยสนับสนุนการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ในการวิจัย มันถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสำรวจปฏิกิริยาเคมีใหม่และเส้นทาง สนับสนุนการค้นพบสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการบำบัดหรือการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม