2-Amino-1-Boc-imidazole ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากมีกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ที่ช่วยป้องกันกลุ่มฟังก์ชันในช่วงปฏิกิริยา ทำให้สามารถควบคุมทิศทางและประสิทธิภาพของปฏิกิริยาได้ดี นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบ imidazole derivatives ซึ่งมีบทบาทสำคัญในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม เช่น การพัฒนายาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และยาต้านการอักเสบ อีกทั้งยังใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษากลไกการเกิดปฏิกิริยาและการออกแบบโมเลกุลใหม่ๆ