1H-Imidazol-4-amine dihydrochloride ถูกใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยทางชีวเคมีเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างสารกระตุ้นและยับยั้งตัวรับฮิสตามีน ซึ่งมีความสำคัญในการรักษาโรคภูมิแพ้ ภาวะการหลั่งกรดในกระเพาะอาหาร และภาวะทางการแพทย์อื่น ๆ นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมอนุพันธ์อิมีดาโซล ซึ่งสำคัญในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และกิจกรรมการจับตัวรับ การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่สาขาเคมีทางการแพทย์ ซึ่งช่วยในการออกแบบและสังเคราะห์ตัวแทนบำบัดใหม่ที่มุ่งเป้าไปยังโรคต่าง ๆ