ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารยับยั้งคินาสและโมเลกุลอื่นๆ ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ หมู่อะมีนที่ได้รับการป้องกันและคุณสมบัติของกรดคาร์บอกซิลิกทำให้มีคุณค่าต่อการเชื่อมโยงเปปไทด์และการสังเคราะห์บนเฟสแข็ง ใช้กันอย่างแพร่หลายในเคมียาสำหรับการสร้างระบบเฮเตอโรไซคลิกที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในโปรแกรมค้นพบยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคมะเร็งและโรคอักเสบ โครงสร้างสแคฟโฟลด์อิมิดาโซลที่ป้องกันด้วย Boc ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกเฉพาะและความเสถียรที่ดียิ่งขึ้นระหว่างการสังเคราะห์หลายขั้นตอน