เอทิล 5-ฟลูออโร-1H-ไอมิดาโซล-4-คาร์บ็อกซิเลต ถูกนำมาใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการพัฒนายาต่างๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งวงแหวนไอมิดาโซลและกลุ่มเอสเตอร์คาร์บ็อกซิเลต ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างยาต้านเชื้อราและยาปฏิชีวนะ โดยที่แกนไอมิดาโซลเป็นส่วนประกอบที่สำคัญสำหรับกิจกรรม นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ที่มุ่งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โดยอาศัยความสามารถในการโต้ตอบกับระบบชีวภาพ ตัวแทนฟลูออรีนของมันยังเพิ่มศักยภาพในเคมียารักษาโรคโดยการมีอิทธิพลต่อคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ของสารประกอบที่ได้