tert-Butyl N,N'-diisopropylcarbamimidate ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมคาร์บามิมิเดตและอะมีดีน ซึ่งมีความสำคัญในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารนี้มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น ตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวแอนตากอนิซต์รีเซพเตอร์ นอกจากนี้ ยังใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่เปปไทด์ เพื่ออำนวยความสะดวกในการก่อตัวพันธะเปปไทด์ในโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ความเสถียรและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นรีเอเจนต์ที่มีคุณค่าในการออกแบบและสังเคราะห์ยารักษาใหม่ในเคมียารักษา