9-Borabicyclo[3.3.1]nonane ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะเรเจนต์สำหรับปฏิกิริยา hydroboration ซึ่งช่วยในการเติมโบรอนและไฮโดรเจนข้ามพันธะคู่คาร์บอน-คาร์บอน ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการผลิตแอลกอฮอล์และสารประกอบอินทรีย์ฟังก์ชันนัลอื่นๆ สารเคมีนี้มีค่าอย่างยิ่งสำหรับความเลือกและประสิทธิภาพในการสร้างอินเทอร์มีเดียตออร์กาโนโบรอน ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญในปฏิกิริยาครอสคัปเปลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก ซึ่งช่วยในการสร้างโมเลกุลคีรัลที่มีความบริสุทธิ์ทางเอ็นแอนติโอเมอร์สูง ความเสถียรและคุณสมบัติการทำปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีภัณฑ์ละเอียดสำหรับการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน