ไซโคลเฮกซิลไฮดราซีน ไดไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างไฮดราซีนของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในการสร้างวงแหวนที่มีไนโตรเจน ซึ่งมักพบในส่วนประกอบยาสำคัญ มันมีประโยชน์โดยเฉพาะในการสังเคราะห์อนุพันธ์ไฮดราซโคน ซึ่งสามารถเป็นสารตั้งต้นสำหรับยาที่เล็งเป้าไปยังโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง การอักเสบ และโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังใช้ในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง โดยคุณสมบัติโครงสร้างของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์ทางการเกษตร บทบาทของมันในงานวิจัยและพัฒนายังขยายไปถึงการสร้างสารประกอบใหม่สำหรับการศึกษาทางชีวเคมีและการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ