4-(Trifluoromethoxy)phenylhydrazine hydrochloride ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาสารประกอบที่มีกลุ่ม trifluoromethoxy ซึ่งช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสี โดยส่วน hydrazine ช่วยอำนวยในการก่อตัวของสารอะโซ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัย โดยใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์ไฮดราซีน