3-Methoxyphenylhydrazine hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีหลายชนิด โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตสารประกอบอินทรีย์ที่ใช้ในอุตสาหกรรมยาและเคมีภัณฑ์ มีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการเกิดสารใหม่ ๆ ด้วยคุณสมบัติเฉพาะตัวของมัน ทำให้เป็นสารที่มีประโยชน์ในห้องปฏิบัติการและอุตสาหกรรมเคมี