3-(Trifluoromethyl)phenylhydrazine hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ ตัวอย่างเช่น มันอาจถูกนำไปใช้ในการสร้างโมเลกุลที่มีส่วนประกอบของไตรฟลูออโรเมทิล ซึ่งมักพบในสารต้านการอักเสบหรือสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการเกิดสารใหม่ๆ ในห้องปฏิบัติการ