2-Fluorophenylhydrazine hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการสร้างสารเคมีเกษตร ช่วยในการกำหนดสูตรยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่ช่วยเสริมการป้องกันพืชผล นอกจากนั้นยังมีบทบาทในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสี ซึ่งช่วยในการลงสีสิ่งทอและวัสดุอื่นๆ การนำไปใช้ในงานวิจัยมีความสำคัญ โดยใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและการพัฒนาสารประกอบใหม่