2,6-ไดฟลูออโรฟีนิลไฮดราซีน HCl ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการเตรียมสารประกอบเฮเตอโรไซคลิกต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์สารกลางทางเภสัชกรรม โดยโครงสร้างเฉพาะตัวช่วยให้สามารถนำอะตอมฟลูออรีนเข้าไปในโมเลกุลเป้าหมาย เพิ่มประสิทธิภาพทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม สารประกอบนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร สนับสนุนการสร้างยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรรสูงขึ้น นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสี โดยคุณสมบัติช่วยให้ได้ลักษณะสีเฉพาะและความเสถียร