(2-Fluorobenzyl)hydrazine Hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการเตรียมสารประกอบเฮเตอโรไซคลิกต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีศักยภาพทางชีวภาพ สารประกอบนี้มักถูกนำมาใช้ในการสร้างอนุพันธ์ไฮดราซอน ซึ่งมีคุณค่าในเคมียาเพื่อการออกแบบตัวยับยั้งหรือตัวปรับของเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการเตรียมอนุพันธ์ฟลูออรีนของโมเลกุลชีวภาพที่มีกิจกรรม เพื่อปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่การวิจัยที่ช่วยในการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรมในการค้นพบยา