(2-Fluoro-4-methylphenyl)hydrazine hydrochloride ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมสารประกอบเฮเทโรไซคลิก ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาและสารเคมีทางการเกษตร สารนี้มักถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ไฮดราซอน ซึ่งมีคุณค่าต่อเคมียาในด้านกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาปฏิกิริยาเคมีที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์ไฮดราซีน การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการพัฒนาสีย้อมและเม็ดสี โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการก่อตัวของโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน