(3-Chloro-2-fluorophenyl)hydrazine hydrochloride ใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย มีบทบาทในการพัฒนาผู้สมัครยาที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะในการสร้างโมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช หมู่ไฮดราซีนของมันช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาการควบแน่น สร้างโครงสร้างเฮเทอโรไซคลิกที่มักพบในเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อผลิตสีย้อมและสารเคมีเกษตร เนื่องจากความสามารถในการสร้างสารกลางที่เสถียร โครงสร้างอะโรมาติกที่มีฮาโลเจนช่วยเพิ่มปฏิกิริยาในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม ทำให้มีคุณค่าในการเตรียมโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน