(2-Fluoro-4-methoxyphenyl)hydrazine hydrochloride ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการเตรียมสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกต่าง ๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น ผู้สมัครยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาทหรือมะเร็ง สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสีย้อมและเม็ดสีเนื่องจากความสามารถในการสร้างสารอะโซที่เสถียร นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับการศึกษาอนุพันธ์ไฮดราซีนและปฏิกิริยาของพวกมันในปฏิกิริยาเคมี