(3-Iodophenyl)hydrazine hydrochloride ถูกใช้ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกต่าง ๆ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพและผู้สมัครยาที่มีศักยภาพ ตัวแทนไอโอดีนทำให้มีคุณค่าต่อการใช้งานในการติดฉลากรังสีสำหรับการถ่ายภาพและวัตถุประสงค์การวินิจฉัย นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างสีย้อมและเม็ดสีเนื่องจากความสามารถในการก่อตัวสารอะโซที่เสถียร ส่วนของไฮดราซีนมีประโยชน์ในปฏิกิริยาการจับคู่และการก่อตัวไฮดราซโซน ซึ่งมีความสำคัญในงานวิจัยทางเคมีและชีวเคมี