(2-Bromo-6-fluorophenyl)hydrazine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการเตรียมสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งมีประโยชน์ในทางเภสัชวิทยา เช่น การพัฒนายาต้านมะเร็งหรือยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาทางเคมีเพื่อสร้างโมเลกุลใหม่ที่มีศักยภาพในการใช้งานทางอุตสาหกรรมหรือการแพทย์