4-Trifluoromethoxybenzhydrazide ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (key intermediate) ในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังโรคต่าง ๆ กลุ่ม trifluoromethoxy ของมันช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของโมเลกุลยาสุดท้าย นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร โดยมีส่วนช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรที่ดีขึ้น สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษาการเกิดปฏิกิริยาเคมีและพัฒนาวิธีการสังเคราะห์อินทรีย์ใหม่ ๆ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครของมันทำให้มีคุณค่าในการออกแบบวัสดุที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์หรือทางแสงเฉพาะ โดยเฉพาะในสาขาวิทยาศาสตร์วัสดุขั้นสูง