3-Mercaptopropanehydrazide ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีเกษตรต่างๆ กลุ่มไฮดราซายด์และไทออลที่ทำปฏิกิริยาได้ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์และวัสดุที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น การยึดเกาะที่ดีขึ้นหรือความยืดหยุ่น ในงานวิจัย ใช้ในการปรับเปลี่ยนไบโอโมเลกุล เพื่อช่วยในการศึกษาการโต้ตอบของโปรตีนและกระบวนการเซลล์ ความหลากหลายยังขยายไปสู่สาขาการวินิจฉัยโรค ซึ่งสามารถใช้พัฒนาโพรบที่ไวต่อการตรวจจับสารวิเคราะห์เฉพาะ