กลีเซอรอล 3-ฟอสเฟตเป็นสารกลางสำคัญในกระบวนการเมแทบอลิซึมของคาร์โบไฮเดรตและลิพิด โดยเกิดขึ้นในไกลโคไลซิสจากไดไฮดรอกซีแอซีโตนฟอสเฟต และมีบทบาทหลักในชัตเทิลกลีเซอรอล 3-ฟอสเฟต ซึ่งช่วยถ่ายโอนอิเล็กตรอนจาก NADH ในไซโทพลาซึมไปยังโซ่ขนส่งอิเล็กตรอนในไมโตคอนเดรียเพื่อการผลิต ATP ที่มีประสิทธิภาพ ในกลูโคเนโอเจเนซิส สามารถแปลงกลับเป็นไดไฮดรอกซีแอซีโตนฟอสเฟต นอกจากนี้ ยังเป็นสารตั้งต้นที่จำเป็นสำหรับการสังเคราะห์ไตรกลีเซอไรด์และกลีเซอโรฟอสโฟลิพิด ซึ่งสำคัญต่อการเก็บพลังงานและโครงสร้างเยื่อหุ้มเซลล์ ในงานวิจัยทางชีวเคมีและชีวการแพทย์ ใช้อย่างกว้างขวางในการศึกษากลไกเส้นทางการเมแทบอลิซึม กิจกรรมของเอนไซม์ (เช่น กลีเซอรอล-3-ฟอสเฟตดีไฮโดรเจเนส) และพลวัตพลังงานของเซลล์ ไม่ได้ใช้โดยตรงเป็นสารเติมแต่งในอุตสาหกรรมอาหาร เครื่องสำอาง หรือเภสัชกรรมเนื่องจากบทบาทเฉพาะทางชีวเคมี