GW3965 HCl ใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกการทำงานของตัวรับ LXR (Liver X Receptor) ซึ่งเกี่ยวข้องกับการควบคุมการเผาผลาญไขมันและคอเลสเตอรอลในร่างกาย การใช้สารนี้ช่วยในการทำความเข้าใจบทบาทของ LXR ในการพัฒนายารักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับการเผาผลาญ เช่น โรคเบาหวาน โรคอ้วน และโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อประเมินศักยภาพของ GW3965 HCl ในการยับยั้งการอักเสบและโรคทางระบบประสาท เช่น โรคอัลไซเมอร์ โดยการวิจัยส่วนใหญ่ยังอยู่ในขั้นทดลองในห้องปฏิบัติการและสัตว์ทดลอง