นิวฟูชซินถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านจุลชีววิทยาและการย้อมสีเนื้อเยื่อ ใช้เป็นสีย้อมในกระบวนการย้อมสีแกรมเพื่อช่วยในการจำแนกแบคทีเรีย โดยเฉพาะแบคทีเรียแกรมบวก นอกจากนี้ยังใช้ในการย้อมสีเนื้อเยื่อสำหรับการศึกษาโครงสร้างของเซลล์และเนื้อเยื่อในทางพยาธิวิทยา นิวฟูชซินยังมีบทบาทสำคัญในการย้อมสีไขมันและลิโพโปรตีนในตัวอย่างทางชีวภาพ ช่วยให้นักวิจัยสามารถวิเคราะห์และศึกษาโครงสร้างของเซลล์ได้อย่างละเอียด นอกจากนี้ยังมีการใช้ในกระบวนการผลิตหมึกและสีย้อมในอุตสาหกรรมต่างๆ อีกด้วย