เกลือแคลเซียมของกรดฟูชซินใช้หลักในการย้อมสีทางชีวภาพ โดยเฉพาะในฮิสโทโลยีและจุลชีววิทยา เป็นส่วนประกอบสำคัญในโปรโตคอลการย้อมสีต่างๆ เช่น การย้อมสีแกรม ซึ่งช่วยจำแนกชนิดของแบคทีเรียตามคุณสมบัติของผนังเซลล์ สารนี้ยังใช้ในการย้อมสีซีล-นีลเซนเพื่อระบุแบคทีเรียที่ทนต่อกรด เช่น Mycobacterium tuberculosis นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในกระบวนการย้อมสีสิ่งทอ เพื่อให้สีสันสดใสแก่ผ้าและเส้นใย การใช้งานขยายไปถึงการเตรียมหมึกบางชนิดและเป็นตัวบ่งชี้ pH ในห้องปฏิบัติการ คุณสมบัติการย้อมสีทำให้สารนี้มีคุณค่าในห้องปฏิบัติการวิจัยและวินิจฉัยสำหรับการมองเห็นโครงสร้างเซลล์และจุลินทรีย์