Alizarin Complexone dihydrate ใช้กันอย่างแพร่หลายเป็นสารตัวบ่งชี้สีสำหรับการกำหนดปริมาณไอออนโลหะ โดยเฉพาะแคลเซียมและแมกนีเซียม ในงานวิเคราะห์ต่างๆ ความสามารถในการสร้างสารเชิงซ้อนที่มีสีคงที่กับโลหะเหล่านี้ทำให้มีคุณค่าในการทดสอบความกระด้างของน้ำ ซึ่งช่วยในการกำหนดปริมาณไอออนแคลเซียมและแมกนีเซียม นอกจากนี้ ยังใช้ในงานศึกษาทางชีวเคมีและสิ่งแวดล้อมเพื่อตรวจจับและวัดปริมาณไอออนโลหะในตัวอย่างทางชีวภาพและระบบน้ำธรรมชาติ สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในฮิสโตโลจีเป็นสารย้อมสีเพื่อระบุการสะสมของแคลเซียมในเนื้อเยื่อ ซึ่งช่วยในการวินิจฉัยโรคบางชนิด ความจำเพาะและความไวทำให้เป็นเครื่องมือที่เชื่อถือได้ทั้งในงานวิจัยห้องปฏิบัติการและกระบวนการควบคุมคุณภาพอุตสาหกรรม